Но как материалистическая философия, так и естествознание страдали в этот период исторически обусловленной метафизической ограниченностью. Ф. Энгельс удивительно ясно вскрыл причины господства метафизики в мышлении философов и натуралистов XVII—XVIII вв. и неизбежности ее преодоления впоследствии: "Надо было исследовать предметы, прежде чем можно было приступить к исследованию процессов. Надо сначала знать, что такое данный предмет, чтобы можно было заняться теми изменениями, которые с ним происходят. Так именно и обстояло дело в естественных науках. Старая метафизика, считавшая предметы законченными, выросла из такого естествознания, которое изучало предметы неживой и живой природы как нечто законченное. Когда же это изучение отдельных предметов подвинулось настолько далеко, что можно было сделать решительный шаг вперед, то есть перейти к систематическому исследованию тех изменений, которые происходят с этими предметами в самой природе, тогда и в философской области пробил смертный час старой метафизики"
Биология должна была тогда произвести прежде всего "инвентаризацию" живой природы, изучить отдельные "вещи", а уж потом перейти к "систематическому исследованию изменений". Правда, были и отдельные наблюдения и описания изменений в природе; они служили одним из источников воззрений, противостоявших господствовавшей метафизике, но они не меняли общей картины.