Одной из систем, основанных на эволюционном принципе, была система А. Эйхлера (1883), являвшаяся видоизменением дофилогенетического построения А. Брауна, но с тем существенным различием, что Eleutneropeiaiae (раздельнолепестные), называемые у Эйхлера Choripetalae, были поставлены перед Sympetalae (сростнолепестными). Благодаря этому взгляд на большое число свободных (несросшихся) частей цветка как признак "совершенства", или эволюционного прогресса, был в значительной степени поколеблен.
Выдающееся значение для развития филогенетической систематики и географии растений имела деятельность А. Энглера, преемника А. Эйхлера на посту директора Берлинского ботанического сада. По своим воззрениям Энглер был убежденным эволюционистом. Его система явилась переработкой системы Эйхлера и была положена в основу самого полного до настоящего времени описания (до родов) систематического состава растительного мира — уже упомянутого многотомного труда "Естественные семейства растений" (1-е издание, 1887—1907), в составлении которого принимали участие крупнейшие ботаники мира.
Устаревшее эйхлеровское название Phanerogamae Энглер заменил на Embryophyta Siphonogama (оплодотворение при помощи пыльцевой трубки) и разделил их на два подотдела: Gymnospermae и Angiospermae. Система покрытосеменных имела следующий вид: I класс. Monocotyledo-neae; II класс. Dicotyledonae с подклассами: 1. Archichlamydeae ("безлепестные" вместе с "раздельнолепестными" в понимании А. Брауна); 2. Metachlamydeae Sympetalae. Помимо Embryophyta Siphonogama Энглер выделил еще три низших отдела: Myxothallophyta, Euthallophyta и Embryophyta zoidiogama. В дальнейшем система Энглера подвергалась усовершенствованию и усложнению; так, было увеличено число отделов.
Эта система была принята многими исследователями и быстро распространилась среди ботаников Германии, России и других европейских стран. Исключение составляла Великобритания, где долгое время осталась общепринятой система А. Эйхлера. Классификация Энглера до сих пор не утратила значения. Подвергнутая значительной переработке, она легла, в частности, в основу "Флоры СССР" и других современных флористических изданий. Наиболее уязвимое место в системе Энглера — помещение в начале двудольных "безлепестных" как наиболее примитивной группы, против чего и была направлена позднейшая критика.