В XIX столетии в Германии возникли физиологические школы, воспитавшие замечательную плеяду исследователей, которых по праву можно считать классиками физиологии.
В начале столетия в стране господствовало натурфилософское направление в физиологии и конкретное исследование физиологических процессов подменялось формулированием абстрактных концепций, основанных на предвзятых идеях. Сторонники этого направления — представители так называемой "романтической физиологии" — рассматривали свою науку как учение об идее, лежащей в основе жизненных явлений. При этом они проводили аналогию между макрокосмосом (вселенной) и микрокосмосом (организмом). Вслед за Шеллингом они считали, что электричество, магнетизм и силы химического взаимодействия обусловливают все явления природы и все процессы и свойства живого, и в частности раздражимость, чувствительность и способность к размножению. Одним из руководящих принципов натурфилософского направления в физиологии была идея о постоянной борьбе в организме двух противоположных начал: позитивного и негативного. Определению этих начал посвящались статьи и трактаты. Для иллюстрации укажем на книгу А. Винкельмана "Введение в динамическую физиологию" (1802), в которой автор доказывал, что позитивным является жизнь, негативным — смерть, позитивна нервная система, негативна — кровеносная, позитивны азот и водород, негативен кислород. Борьба полярных начал является необходимым условием жизни, а перевес одного из них — причина болезней. От запутанного клубка натурфилософских концепций в физиологии отказались в 20—30-х годах, когда экспериментальные исследования указали истинный путь к познанию жизненных явлений.
Огромную роль в развитии физиологии в Германии сыграл Иоганнес Мюллер. Как и многие другие ученые того времени, Мюллер был биологом-энциклопедистом. В числе почти 270 его научных работ имеются исследования по физиологии, анатомии человека, сравнительной анатомии, гистологии, эмбриологии, общей патологии, патологической анатомии и даже палеонтологии. Им были открыты лимфатические сердца у амфибий, жабры у головастиков, проведено исследование нервной системы у беспозвоночных, голосового аппарата человека, изучено внутриутробное дыхание плода.