Теория Дарвина, обосновавшая исторический процесс развития видов, потребовала иного, чем раньше, отношения к систематическим категориям. До Дарвина большинство биологов признавало их независимыми друг от друга и неизменными. Дарвин показал, как трудно бывает отличить между собой не только разновидности, но и отдельные виды растений и животных. Отсюда он сделал заключение, что разновидность, достаточно легко отличимая от соседней с нею, есть зачаток нового вида — "зачинающийся вид", по его выражению.
Наличие переходных форм, существующих в ряде случаев между близкими видами, привело Дарвина к мысли, что термины "разновидность" и "вид" произвольны и служат только для того, чтобы обозначать сходные между собой группы особей. Это утверждение, облеченное, быть может, в неудачную форму, давало повод к приписыванию Дарвину мнения о нереальности основных систематических подразделений, что, однако, совершенно неверно. Дарвин считал возможной естественную группировку организмов, причем полагал, что естественной системой должна быть система генеалогическая. Наличие незаметных переходов от одних видов к другим Дарвин выражал формулой Лейбница "природа не делает скачков", противопоставляя идею ненарушающейся исторической преемственности органического мира теории катастроф Кювье, отрицавшей эту преемственность. Антиэволюционист Л, Агассис заметил, что так как Дарвин отрицает существование видов, то тем самым он не должен говорить об их происхождении и изменении. Дарвин в письме к А. Грею возразил: "Как нелепа его (Агассиса) логическая придирка — "а если виды не существуют, то как они могут изменяться". Как будто кто-нибудь сомневался в их временном существовании"