Из этих взглядов Ламарка на сущность жизни с необходимостью вытекала концепция происхождения жизни. Живое в его простейших формах возникло из неживого, утверждал Ламарк. Флюиды, воздействуя на те вещества, которые способны "организовываться", превращают их в первые зачатки жизни. При этом Ламарк полагает, что первичные животные и растения возникли из различным образом организованной материи, что предопределило в дальнейшем и разные пути их эволюционного развития. Закономерно развивающаяся и постепенно усложняющаяся природа должна была производить (и продолжает производить в настоящее время) наиболее простые организмы из материи "неорганизованной".
Таким образом, Ламарк рассматривал самозарождение как естественный закономерный процесс, являющийся отправной точкой для дальнейшей эволюции органического мира. Вместе с тем он отмечал ошибность распространения самозарождения на широкий круг организмов и отмечал, что таким путем возникают лишь организмы, "которые представляют собой не более чем простые зачатки организации и которые мы с трудом решаемся рассматривать как тела организованные и одаренные жизнью".