Обстановка для защитников идеи эволюции стала особенно неблагоприятной после 1830 г., когда Жоффруа Сент-Илер потерпел поражение в знаменитом диспуте с Кювье во Французской Академии наук.
Поводом для начала диспута послужило сообщение Жоффруа о работе Лорансе и Мейрана, утверждавших, что, если представить себе сепию позвоночным животным, туловище которого перегнуто вдвое так, что таз оказался на уровне затылка, то мы получим совершенное подобие расположения внутренних органов сепии и позвоночного. Отсюда делалось заключение о единстве плана строения позвоночных и беспозвоночных. Кювье выразил несогласие с доводами и выводами Лорансе и Мейрана и резко обрушился на учение Жоффруа о единстве плана строения всех животных, противопоставив ему свое учение о четырех изначально обособленных типах строения.
Спор продолжался в течение восьми месяцев, принял резкую форму и вышел далеко за стены Академии. За ним следили биологи не только Франции, но и других стран. Отклики на него быстро появились в научных изданиях, в том числе русских. Формально спор шел по специальным вопросам морфологии животных. Фактически же это был спор об эволюции или постоянстве видов. За этим вопросом скрывались еще более широкие вопросы "мировоззрения. Это была борьба между представителями нового, прогрессивного направления в науке и одним из самых сильных защитников старого, но все еще господствовавшего мировоззрения. В условиях Франции 1830 г. диспут приобрел политическую окраску. Его широко освещали во французских газетах того времени наравне с важнейшими политическими событиями, причем левые газеты безоговорочно выступали на стороне Жоффруа, консервативные — Кювье.
Жоффруа Сент-Илер не смог представить убедительный материал в защиту идеи единства строения всех животных, и победа осталась на стороне Кювье. В рамках сравнительной анатомии этот спор не мог быть разрешен. Только доказательство единства животных по происхождению, что было осуществлено теорией Ч. Дарвина, давало возможность его научного решения. Опираясь на эту теорию, вскоре после ее опубликования А. О. Ковалевский и И. И. Мечников доказали сходство ранних стадий зародышевого развития всех многоклеточных животных.